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賽默飛3500系列分析儀根據通道數量分為3500（8通道）與3500xL（24通道）兩種常用型號。無論哪一型號，其主要核心模塊包括以下幾部分：
用于DNA片段的分離；
材質為石英毛細管，標準長度36cm；
通道數量決定一次可并行檢測的樣本數量。
采用多色激光激發，能同時檢測多種熒光標記；
具備高度靈敏的CCD檢測器；
支持多種熒光染料組合，如DS-30、DS-33、G5等。
通過自動泵送方式將高分子聚合物注入毛細管；
常用聚合物類型包括POP-4、POP-6與POP-7；
可自動監測聚合物余量，提示更換。
配備樣本盤與反應板模塊；
支持384孔微孔板或96孔PCR板；
自動控制進樣電壓與進樣時間。
毛細管電泳區具有恒溫系統，常設60°C；
高壓電泳電源輸出穩定，確保片段分離清晰。
樣本DNA需純度高（A260/A280 ≈1.8）；
濃度范圍通常控制在10-50 ng/μL；
可采用磁珠法、柱提法或酚氯仿法進行提取。
| 成分 | 體積 | 備注 |
|---|---|---|
| PCR Master Mix | 5 μL | 含Taq酶、緩沖液、dNTPs等 |
| 引物混合液（帶熒光） | 1 μL | 上游或下游帶FAM/VIC等標記 |
| 樣本DNA模板 | 1 μL | 濃度建議不超過30 ng |
| 超純水 | 3 μL | 調整總體積 |
預變性：95°C，5分鐘；
變性：95°C，30秒；
退火：55~60°C，30秒；
延伸：72°C，45秒；
循環：30~35次；
終末延伸：72°C，5分鐘；
4°C保存待用。
每個上樣孔中需加入：
| 成分 | 體積 | 說明 |
|---|---|---|
| Hi-Di Formamide | 9.5 μL | 電泳專用去離子甲酰胺溶液 |
| ROX Size Standard | 0.5 μL | 內標大小標準（如GeneScan 600） |
| PCR產物 | 1 μL | 按需加入 |
混合后充分離心，在95°C加熱2分鐘，迅速冰浴處理，確保樣品變性狀態一致。
毛細管長度：36cm；
聚合物類型：POP-7；
電泳緩沖液：1× Genetic Analyzer Buffer with EDTA；
進樣電壓：1.2 kV；
進樣時間：15秒；
電泳電壓：13.0 kV；
分離時間：1550秒；
毛細管溫度：60°C；
樣品板溫度：4°C。
| 耗材名稱 | 功能用途 |
|---|---|
| 毛細管陣列 | DNA片段電泳分離核心通道 |
| 聚合物POP系列 | 分離介質 |
| Hi-Di Formamide | 上樣溶劑，防止樣品沉淀或團聚 |
| 緩沖液（10×） | 保持電泳系統電導穩定 |
| 熒光引物混合液 | 實現多重標記檢測 |
| ROX 500/600標準品 | 片段大小校準內參 |
聚合物需4°C保存，避免反復凍融；
ROX標準應避光、冷凍存儲；
Formamide每次開封應盡快使用，避免氧化降解；
使用過的毛細管陣列如出現信號衰減應及時更換。
用于儀器控制、運行方案編輯與樣品管理；
可設定進樣方式、樣本順序、電泳時間等；
提供運行監控界面，實時顯示狀態信息。
自動峰識別、大小標準校準；
可設置分析模板，快速進行STR或SNP分析；
輸出圖譜清晰、峰形整齊，具備高精度分辨率。
支持導出.fsa格式原始數據；
可連接LIMS系統實現自動記錄；
兼容第三方法醫或突變檢測軟件處理。
室溫控制在18~25°C；
相對濕度不超過60%，防止聚合物變質；
配備UPS不間斷電源，防止實驗中斷。
| 維護內容 | 建議頻率 | 操作說明 |
|---|---|---|
| 聚合物更換 | 每使用120樣品或14天 | 系統提示更換時立即處理 |
| 緩沖液更換 | 每次運行前 | 確保離子濃度足夠，避免電泳失敗 |
| 毛細管沖洗 | 每周至少1次 | 避免毛細管堵塞、信號下降 |
| 清潔廢液瓶與排液管 | 每周 | 防止廢液倒流污染電泳系統 |
| 軟件校準檢測 | 每月 | 確保峰位識別準確 |
避免在運行時打開前艙門；
聚合物與Formamide屬有機溶劑，應佩戴手套操作；
禁止操作時食用、飲水或用嘴吹液體；
使用后及時密封所有耗材，避免污染和降解。
| 現象 | 原因分析 | 處理建議 |
|---|---|---|
| 電泳圖無峰 | 樣本未上樣或聚合物堵塞 | 檢查樣本準備流程、清洗毛細管 |
| 峰形模糊或拖尾 | 聚合物老化或毛細管污染 | 更換聚合物或重新沖洗陣列 |
| 峰高信號弱 | 引物標記不足、模板濃度低 | 優化PCR反應條件，適量加樣 |
| 尺寸標準偏移或錯位 | 標準品老化、軟件校準異常 | 更換ROX標準并校正方法參數 |
| 軟件無法識別進樣盤 | 樣本板未對齊或識別標簽出錯 | 重新安裝樣本板并確認樣品信息 |
為了獲得更高一致性與可重復性，推薦如下實驗配置優化措施：
采用統一批次試劑、耗材，減少批間差異；
設置標準對照樣本或陽性模板，便于判斷系統性能；
所有實驗流程操作人員應接受統一培訓；
對每輪實驗運行結果進行記錄歸檔，便于追溯分析；
若開展多重PCR或STR檢測，建議根據峰強、片段長度優化引物濃度比例。
賽默飛3500基因分析儀是一套高度自動化、性能成熟的電泳系統，但其運行效果極大依賴于實驗配置的精準與操作的規范。通過合理選擇聚合物、電泳參數、上樣比例及配套軟件，結合日常維護與科學管理，可以大幅提升實驗通量與結果可信度。希望本文能為廣大用戶在配置設備與開展實驗過程中提供切實可行的參考。
杭州實了個驗生物科技有限公司
